Eksim anak disebabkan oleh sejumlah faktor, baik eksternal maupun genetik.
Faktor ekstrinsik meliputi lingkungan, iklim lembab dan paparan sinar matahari; barang-barang rumah tangga sehari-hari seperti serat kimia, kain wol dan bahan kimia.
Faktor genetik juga dikaitkan dengan perkembangan eksim pediatrik.
Kulit anak biasanya tipis, dengan kelainan pada struktur stratum korneumnya, berkurangnya kandungan air dalam kulit dan berkurangnya kandungan sebum, yang mengakibatkan berkurangnya perlindungan kulit dan kerentanan terhadap rangsangan eksternal yang dapat menyebabkan eksim.