Untuk pneumonia interstitial idiopatik, biopsi paru bedah atau biopsi paru torakoskopi direkomendasikan, dan beberapa biopsi harus dilakukan bila memungkinkan, untuk memastikan bahwa heterogenitas penyakit tidak menyebabkan diagnosis yang bias. Karena tingginya biaya dan kerusakan biopsi di atas, populasi nasional kurang bersedia untuk menjalaninya, dan oleh karena itu bronkoskopi dan biopsi paru perkutan yang dipandu CT dilakukan sebagai pengganti prosedur bedah atau torakoskopi di sebagian besar rumah sakit. Sebenarnya, nilai dari tes-tes ini bukanlah signifikansi diagnostiknya, tetapi dalam mengesampingkan penyakit lain. Perlu dicatat bahwa untuk beberapa jenis pneumonia interstitial idiopatik yang khas seperti IPF, ahli paru yang berpengalaman dapat memberikan diagnosis yang lebih pasti berdasarkan studi klinis dan pencitraan, dan nilai diagnostik studi klinis dan pencitraan dikonfirmasi dalam pedoman IPF.