Pengobatan untuk kista otak meliputi pengobatan konservatif dan bedah.
Perawatan konservatif melibatkan fisioterapi untuk memperbaiki gejala neurologis pasien, pengobatan untuk mengendalikan epilepsi yang disebabkan oleh kista, dan peninjauan kista secara teratur untuk mengetahui perkembangannya melalui CT dan magnetic resonance imaging (MRI).
Perawatan bedah meliputi kraniotomi untuk lesi epilepsi, kraniotomi untuk kista dan windowing, shunt kista-abdominal, dan windowing yang dipandu endodontik neurologis.