Pengobatan untuk kista otak meliputi pengobatan konservatif dan bedah.
Perawatan konservatif melibatkan fisioterapi untuk memperbaiki gejala neurologis pasien, pengobatan untuk mengendalikan epilepsi yang disebabkan kista dan peninjauan kista secara teratur untuk mengetahui perkembangannya dengan CT dan magnetic resonance imaging (MRI).
Perawatan bedah meliputi kraniektomi untuk lesi epilepsi, kraniektomi dan sistotomi, shunt kista-abdominal, dan bukaan yang dipandu endodontik neurologis.