Pada bayi, stenosis anal biasanya ditemukan pada usia 7 hingga 8 bulan, dengan tanda-tanda obstruksi usus yang tidak lengkap seperti kembung, nyeri perut dan muntah. Sejumlah kecil bayi dilahirkan dengan atresia anal kongenital, di mana tidak ada feses yang dikeluarkan setelah lahir, dan kemudian secara bertahap muncul dengan obstruksi usus tingkat rendah seperti distensi abdomen, nyeri perut dan muntah, tanpa pembukaan normal pada anus.