Gejala yang paling signifikan dari sindrom malabsorpsi usus kecil adalah diare. Jika gejala diare tidak hilang secara spontan, bertahan lama dan disertai nyeri perut, darah dalam tinja dan penurunan berat badan, penyebabnya harus segera diidentifikasi di rumah sakit. Hal ini karena dehidrasi parah dan gangguan elektrolit dapat mempengaruhi kesehatan atau mengancam jiwa.