Untuk pengobatan sindrom malabsorpsi usus kecil yang disebabkan oleh faktor reversibel seperti penyakit sistem pencernaan, penyakit sistemik atau pembedahan, pengobatan utama adalah secara aktif mengobati penyakit asli dan menyingkirkan penyebabnya, menyingkirkan penyakit asli sehingga dapat memperbaiki gejala malabsorpsi pencernaan, dan pada saat yang sama perlu memperhatikan kebiasaan makan mereka sendiri.
Untuk penyakit bawaan dan penyakit yang didapat yang tidak ada pilihan pengobatan yang ideal, dukungan nutrisi parenteral dapat diberikan; transplantasi usus kecil dapat dipertimbangkan bagi mereka yang tidak dapat mentolerir nutrisi parenteral.