Saat ini, obat utama yang digunakan untuk mengobati hipertiroidisme dalam kehamilan termasuk propylthiouracil (PTU) dan methimazole (MMI). Kedua kelas obat ini memiliki risiko teratogenik dan dosis efektif terendah harus dipilih sesuai dengan kondisi pasien untuk mengurangi risiko teratogenik.
Karena risiko teratogenik propiltiourasil lebih rendah daripada metimazol, propiltiourasil biasanya dipilih pada awal kehamilan (1 sampai 3 bulan), periode sensitif teratogenik. Karena PTU dapat menyebabkan kerusakan hati dan bahkan gagal hati akut, dianjurkan untuk menggunakannya hanya pada awal kehamilan dan fungsi hati harus diperiksa secara teratur selama penggunaannya; methimazole dipilih pada pertengahan trimester (4 sampai 6 bulan) dan akhir kehamilan (7 sampai 9 bulan).