Pilihan kolonoskopi harus dibuat berdasarkan kasus per kasus.
Sebagai contoh, pasien muda di bawah 40 tahun dapat diobservasi dengan tindak lanjut yang teratur bila tidak ada pemborosan, nanah dan darah dalam tinja dan tes tinja rutin yang negatif; pasien di atas 40 tahun dengan diare kronis jangka panjang, terutama jika ada penurunan berat badan, massa perut yang signifikan atau nyeri tekan, darah dalam tinja atau tes darah gaib yang positif dalam tinja, harus secara rutin menjalani kolonoskopi.