Pengobatan otitis media supuratif dibagi menjadi fase akut dan fase kronis. Pada fase akut, yaitu episode pertama otitis media, pengobatan terutama anti-inflamasi, dengan antibiotik oral atau intravena, biasanya penisilin atau sefalosporin, dan obat tetes telinga eksternal. Tentu saja, sebelum menggunakan obat tetes telinga topikal, penting untuk membersihkan sekresi purulen di saluran telinga luar dan menjaganya tetap bersih sebelum menggunakan obat tetes. Pada tahap akut otitis media, jika ada episode otitis media berulang yang berubah menjadi otitis media supuratif kronis, otitis media supuratif kronis juga diobati pada tahap akut. Namun, jika ada aliran nanah yang persisten, CT scan mastoid telinga tengah harus dilakukan untuk memeriksa adanya granuloma di telinga tengah dan mastoid atau adanya polip atau kolesteatoma. Jika terdapat granulasi, kolesteatoma atau polip, maka pembedahan harus dipertimbangkan. Jika tidak ada kondisi seperti itu dan gejalanya hanya nanah, pengobatannya harus berupa antibiotik oral atau obat tetes telinga dan penyinaran lokal saluran telinga luar dengan fisioterapi. Pada fase diam otitis media supuratif, yaitu ketika tidak ada infeksi nanah, penting untuk menghindari air di saluran telinga dan untuk menjaga kondisi umum. Dalam kasus membran timpani berlubang, perbaikan bedah membran timpani berlubang dapat dipertimbangkan pada fase istirahat otitis media supuratif.