Tinja asam sebagian besar disebabkan oleh gangguan pencernaan seperti pankreatitis kronis, hepatitis aktif kronis, defisiensi enzim mukosa usus dan gangguan pencernaan intraluminal lainnya, serta gangguan penyerapan mukosa usus seperti mekonium enteropati dan diare stomatitis tropis, yang dapat menyebabkan pencernaan atau penyerapan lemak dan gula yang buruk, yang menyebabkan tinja asam. Selain itu, kebiasaan pola makan yang buruk, seperti mengkonsumsi terlalu banyak makanan berlemak sekaligus, juga dapat menyebabkan tinja yang asam.