Penyakit tangan, kaki dan mulut hanya disebut penyakit tangan, kaki dan mulut dan untuk saat ini tidak ada nama lain untuk itu. Namun demikian, patogen yang menyebabkan HFMD adalah banyak virus, dan spesies virus ini dapat menyebabkan herpes faringitis selain HFMD. Secara klinis, faringitis herpes sebenarnya mirip dengan penyakit tangan, kaki dan mulut. Dalam beberapa kasus HFMD, ruam pada tangan sangat jarang muncul, dan jika beberapa ruam ini tidak muncul, satu-satunya diagnosis adalah herpes faringitis. Perbedaan antara herpes faringitis dan HFMD hanyalah ada atau tidaknya ruam pada kulit di luar mulut, terutama pada telapak tangan, kaki dan bokong. Jika ada ruam di area ini, itu adalah HFMD, dan jika tidak ada ruam, diagnosisnya hanya herpes faringitis. Karena HFMD juga dikaitkan dengan demam dan ruam herpes di tanah genting, kedua penyakit ini sebenarnya mirip.