Untuk sebagian besar anak-anak, vaksinasi terhadap HFMD paling tepat dilakukan sebelum usia 5 tahun, karena fungsi kekebalan tubuh anak-anak seringkali tidak berkembang dengan baik sebelum usia 5 tahun dan rentan terhadap virus enterik, seperti coxsackievirus atau EV71, yang dapat menyebabkan HFMD, dan dapat menyebabkan herpes pada tangan, kaki, mulut dan bokong. Secara khusus, anak-anak yang menderita enterovirus EV71 dapat mengembangkan HFMD yang parah dan bahkan dapat mengembangkan miokarditis dan ensefalitis. Dianjurkan untuk memvaksinasi anak-anak terhadap enterovirus EV71.