Cairan ketuban yang berlebihan dapat mengindikasikan beberapa derajat kelainan perkembangan struktural pada janin, dan bila terdapat peningkatan cairan ketuban, sekitar 5% janin akan memiliki kelainan struktural yang signifikan. Mayoritas cairan ketuban dihasilkan dari urin janin, yang diproduksi dalam keseimbangan dinamis saat janin berada dalam rahim. Jika selama proses ini janin hanya bisa buang air kecil tetapi tidak bisa menelannya, misalnya, jika ada obstruksi saluran pencernaan, yaitu perkembangan saluran pencernaan yang tidak normal, maka cairan ketuban akan meningkat. Inilah sebabnya mengapa penting untuk mencurigai terlebih dahulu kelainan perkembangan janin dalam kasus cairan ketuban yang berlebihan, yang paling umum adalah obstruksi saluran pencernaan. Selain itu, kelainan sistem saraf pusat janin harus dipertimbangkan. Yang paling umum adalah anencephaly dan tonjolan serebrospinal, yang juga dapat menyebabkan cairan ketuban yang berlebihan karena selaput serebrospinal yang terbuka dapat ditembus oleh cairan dalam jumlah besar. Inilah sebabnya mengapa skrining ultrasonografi terperinci untuk malformasi diperlukan untuk mengesampingkan kelainan struktural pada semua aspek janin dengan adanya cairan ketuban yang berlebihan.