Faktor psikologis seperti kecemasan, depresi dan stres dapat mempengaruhi kemampuan sistem saraf pusat untuk mengatur fungsi fisiologis saluran cerna, sehingga menciptakan sensasi abnormal di daerah gastrointestinal dan memicu gejala nyeri dan mual. Pasien dalam kategori ini umumnya tidak mengalami disfungsi saluran cerna dan penggunaan antidepresan dapat meringankan gejala.