Sejumlah pasien masih bisa mengalami serangan berulang setelah pengobatan, yang mungkin terkait dengan infeksi subklinis, infeksi laten atau reinfeksi. Setelah pengobatan berulang, sebagian besar pasien ini dapat mengendalikan kekambuhan, tetapi ada juga pembawa virus jangka panjang, yang dapat menghilang seiring waktu ketika status kekebalan tubuh membaik. Pembawa virus dalam jangka panjang dapat meningkatkan kejadian tumor genital tertentu, seperti kanker serviks dan karsinoma skuamosa vulva. Tingkat regresi alami kondiloma akuminata berkisar antara 0-69%.