Diagnosis condyloma acuminatum umumnya tidak sulit berdasarkan karakteristik ruam, lokasi onset dan perkembangan yang dikombinasikan dengan riwayat kemungkinan kontak. Infeksi subklinis dapat terjadi sendiri atau bersamaan dengan lesi yang khas dan dapat dikonfirmasi dengan uji asetat putih atau uji biru toluidin. Untuk infeksi laten, hibridisasi in situ atau reaksi berantai polimerase (PCR) dapat digunakan untuk mengonfirmasi. (1) Lichen planus: papula datar, lembab, sering menyatu, dengan dasar yang tidak sempit, di mana spirochetes sifilis dapat ditemukan, dan secara serologis positif untuk sifilis. (2) Kutil pseudovaginal wanita: juga dikenal sebagai papula seperti kondiloma akuminatum wanita, kebanyakan terlihat pada orang dewasa muda. Ruam terletak di sisi dalam labia minora di kedua sisi, dan merupakan sekelompok papula fish-roe atau polipoid yang tidak menyatu yang berbentuk butiran atau lembut saat disentuh, berwarna merah muda dan lembab. (3) Papula mutiara penis: sebagian besar terlihat pada orang dewasa muda, papula mutiara tembus pandang di sulkus koronal, berwarna putih, kekuningan atau merah, berbentuk kerucut, bulat atau tidak beraturan, tersusun dalam satu atau beberapa baris di sepanjang sulkus koronal, atau bahkan melingkari lingkaran, tanpa gejala yang jelas. (4) Papulosis seperti Bowen: ruam sering terdiri dari beberapa papula berpigmen, atau mungkin muncul sendiri-sendiri, tersebar atau berkerumun, tersusun dalam garis atau cincin, dan dapat menyatu membentuk plak, berkembang perlahan-lahan (berbulan-bulan atau bertahun-tahun), sebagai karsinoma skuamosa in situ, atau dari kondiloma akuminata. Penyakit ini sedikit lebih sering terjadi pada wanita, dan distribusinya terutama di labia majora dan minora serta daerah perianal. (5) Kelenjar sebasea ektopik: papula berada di dalam mukosa, tidak tumpang tindih, dan sebagian besar berwarna kekuningan. (6) Hiperplasia kelenjar sebasea: papula kekuningan, tidak berujung, tidak berduri, tidak tumpang tindih, tidak konfluen. (7) Hiperplasia kelenjar parapapiler: papula berwarna kulit atau merah pucat yang tersusun berpasangan di kedua sisi ligamen preputium, beberapa dengan permukaan agak berduri terlihat. Papula tidak sempit di pangkalnya, berukuran millet atau kepala peniti dan tidak memiliki gejala yang jelas dan disadari oleh diri sendiri.