Sebagian besar kista tiroid dapat ditangani secara konservatif dan tidak memerlukan pembedahan. Penanganan kista dimulai dengan aspirasi cairan kista melalui tusukan. Setelah cairan dikeluarkan, tusukan jarum halus dilakukan pada bagian parenkim kista untuk menentukan sifatnya. Jika hasilnya jinak, hanya tindak lanjut atau terapi penekan tiroksin yang diindikasikan. Jika sel kanker atau sel kanker yang mencurigakan ditemukan di dalam cairan kista atau di bagian parenkim abses, maka diperlukan perawatan bedah. Karena kista tiroid pada umumnya jinak, maka kista ini dapat ditangani secara konservatif tanpa pembedahan, termasuk aspirasi jarum halus sederhana, jika kista sembuh setelah satu kali aspirasi, dan pada kasus lain, jika kista kambuh lagi setelah aspirasi, kista dapat dilubangi kembali setelah 2-4 minggu. Skleroterapi melibatkan aspirasi cairan kistik dan injeksi agen sklerosis ke dalam rongga kistik. Cairan yang diaspirasi akan menjalani pemeriksaan patologis rutin dan, jika perlu, pengujian hormon paratiroid (PTH) untuk menyingkirkan kista paratiroid.