Toleransi dapat terjadi dengan penggunaan nitrat jangka panjang, yaitu efek hemodinamik dan anti-iskemik nitrat dapat berkurang dan toleransi mereka tidak hanya mengurangi atau bahkan menghilangkan kemanjurannya, tetapi juga menyebabkan respons hemodinamik dari pembuluh darah perifer dan arteri koroner berkurang atau hilang. Toleransi cenderung terjadi dengan penggunaan nitrat secara terus menerus dan terkait dengan dosis yang digunakan dan durasi penggunaan terus menerus. Toleransi silang ada di antara nitrat yang berbeda, tetapi toleransi muncul dan menghilang dengan cepat. Dalam penggunaan jangka panjang dekongestan jantung atau preparat nitrat kerja panjang, penggunaan jangka panjang masih efektif jika ada interval bebas nitrat 10 hingga 12 jam per hari. Menggabungkan dengan vasodilator lain juga dapat mengurangi toleransi nitrat. Telah disarankan bahwa toleransi nitrat dikaitkan dengan penipisan gugus sulfhidril yang berlebihan di dalam tubuh, sehingga beberapa penghambat enzim pengubah angiotensin yang mengandung sulfhidril seperti Kepone dapat digunakan dalam kombinasi.