Bibir sumbing bawaan disebabkan oleh sejumlah faktor yang memengaruhi janin selama perkembangannya. Khususnya, selama 12 minggu pertama perkembangan janin, berbagai malformasi yang berbeda dapat terjadi karena efeknya, dan bibir sumbing adalah salah satu yang paling umum. Ada banyak faktor yang berkontribusi terhadap terjadinya bibir sumbing, termasuk genetika, nutrisi, infeksi, cedera atau efek pengobatan. Penyebab pastinya belum diketahui dengan baik dan mungkin merupakan hasil dari satu atau beberapa faktor yang bekerja secara bersamaan, sehingga penting untuk mengambil tindakan pencegahan proaktif pada tahap awal kehamilan. Hal ini sangat penting untuk mencegah terjadinya bibir sumbing. Calon ibu yang sedang mempersiapkan kehamilan harus mendapatkan edukasi mengenai hal ini dan harus memperhatikan distribusi nutrisi yang tepat. Selama kehamilan, penting untuk menghindari stres dan tekanan emosional yang berlebihan serta menjaga suasana hati tetap bahagia. Jangan merokok atau minum alkohol dan cobalah untuk menghindari infeksi virus. Dalam kasus penyakit, obat yang dapat menyebabkan malformasi pada janin harus dilarang.