Meskipun kutil umum terjadi dalam praktik klinis, kesalahan diagnosis tidak jarang terjadi, menyebabkan stres mental, kerusakan fisik, dan beban keuangan bagi pasien. Ada dua jenis kesalahan diagnosis kutil: kesalahan diagnosis kutil sebagai penyakit lain, dan kesalahan diagnosis non-kutil sebagai kutil. Yang pertama kurang umum dalam praktik klinis, tetapi yang kedua lebih umum. Diagnosis kutil didasarkan pada adanya pertumbuhan papiler, kembang kol atau korpuskular pada area genital, perineum, dan anal, dan riwayat hubungan seksual yang tidak murni.