Anak-anak yang menderita HFMD dapat mengalami batuk, yang biasanya menyebabkan infeksi saluran pernapasan, atau infeksi saluran pernapasan sekunder. Batuk itu sendiri tidak menyebabkan konsekuensi yang serius. Jika batuk lebih intens dan berkepanjangan, kemungkinan akan menyebabkan nyeri dada saat batuk. Tetapi sebaliknya, tidak menimbulkan konsekuensi serius. Apa yang menyebabkan konsekuensi serius mungkin adalah penyakit yang menyebabkan batuk. Batuk bisa jadi merupakan indikasi bronkitis akut, tetapi mungkin juga merupakan indikasi pneumonia, jadi rontgen dada atau CT scan dada harus dilakukan untuk menentukan apakah ada penyakit serius seperti pneumonia. Jika ada dan tidak terdeteksi dan diobati, pneumonia kemungkinan akan terus berlanjut dan tidak akan sembuh untuk waktu yang lama.