Pengobatan gastritis pada anak-anak biasanya dengan menghilangkan penyebabnya, yang dapat dilakukan dengan menghambat sekresi asam lambung, menggunakan penghambat pompa proton atau penghambat reseptor H2, dan juga dengan minum obat untuk melindungi mukosa lambung. Anak-anak yang mengalami refluks bisa diobati dengan obat-obatan seperti morfolin, tetapi pengobatan anti-H. pylori tidak dianjurkan.