Perbedaan antara infeksi virus dan bakteri adalah mikroorganisme patogen. Mikroorganisme patogen infeksi virus adalah virus dan merupakan mikroorganisme patogen tanpa struktur seluler. Sebaliknya, organisme patogen dari infeksi bakteri adalah bakteri, yang memiliki struktur seluler. Namun, penentuan yang tepat tergantung pada kultur bakteri dan deteksi antibodi antigenik dalam sampel darah. Baik infeksi bakteri maupun virus dapat menyebabkan infeksi pada saluran pernapasan dan pencernaan, dan hal ini bisa sulit dibedakan dari gejalanya. Ada juga perbedaan dalam pengobatan antara infeksi virus dan bakteri, karena obat antivirus mungkin efektif dalam infeksi virus. Dalam kasus infeksi virus, obat antivirus mungkin efektif, sedangkan dalam kasus infeksi bakteri, hanya antibiotik yang efektif. Antibiotik tidak dapat mengobati infeksi virus, dan obat antivirus tidak dapat mengobati infeksi bakteri, yang merupakan beberapa perbedaan dalam pengobatan.