Kelainan sperma pada pria tidak menyebabkan penyakit jantung janin, tetapi kelainan kromosom pada pria dapat menyebabkan penyakit jantung bawaan pada janin, dan penyebab penyakit ini terutama meliputi faktor ibu, faktor genetik, serta faktor fisik dan kimia.
1. Faktor ibu: Banyak faktor yang dapat menyebabkan penyakit jantung bawaan selama kehamilan, seperti toksoplasmosis, virus rubella, cytomegalovirus, virus herpes simpleks, dan lain-lain; atau antibiotik seperti makrolida, amida, dan obat-obatan lainnya.
2. Faktor genetik: Penyakit jantung janin dikaitkan dengan mutasi gen tunggal, atau karena beberapa pasang alel yang mengendalikan sifat genetik, dan terkait dengan lingkungan atau riwayat keluarga, dll. Oleh karena itu, jika ayah atau ibu membawa gen untuk penyakit jantung bawaan, maka dapat menyebabkan penyakit jantung janin.
3. Faktor fisik dan kimia: wanita hamil yang merokok selama kehamilan atau perokok pasif akan meningkatkan kejadian penyakit jantung pada janin; jika wanita hamil terpapar pestisida, insektisida, dan lingkungan lain selama kehamilan, atau jika mereka mengonsumsi aspirin, kontrasepsi, obat penghilang rasa sakit, estrogen, dan sebagainya selama awal kehamilan, mereka dapat meningkatkan risiko penyakit jantung bawaan.