Penyebab hilangnya mukosa mulut memiliki banyak segi dan melibatkan banyak penyakit. Ada faktor obat dan fisik dan kimiawi, dan kehilangan mukosa mulut mungkin juga merupakan manifestasi dari penyakit sistemik di rongga mulut. Bagaimanapun, penyebab pasti penyakit ini perlu ditentukan oleh kombinasi gejala, tanda dan tes tambahan.