Penyebab cegukan pada bayi baru lahir meliputi gangguan fisiologis dan patologis. Penyebab fisiologis lebih umum terjadi, seperti pemberian makan yang cepat atau kenyang, susu dingin dan perut dingin. Gangguan patologis juga dapat menyebabkan cegukan pada bayi baru lahir. Gangguan yang umum termasuk meningitis, epilepsi, tumor intrakranial dan sebagainya.