Manifestasi klinis utama sindrom antibodi antifosfolipid adalah trombosis, keguguran kebiasaan dan trombositopenia, dan pasien yang sama mungkin hanya memiliki salah satu manifestasi ini atau beberapa manifestasi pada saat yang sama. Gambaran klinis tergantung pada jenis, lokasi dan ukuran pembuluh darah yang terlibat, dan dapat muncul sebagai akumulasi pembuluh darah tunggal atau multipel. Trombosis vena lebih umum daripada trombosis arteri, dengan trombosis vena yang paling umum terjadi pada vena dalam tungkai bawah, tetapi juga pada ginjal, hati dan retina, dan trombosis arteri lebih umum terjadi pada otak dan tungkai atas. Sianosis retikuler juga merupakan manifestasi paling umum dari sindrom antibodi antifosfolipid dan terlihat sebagai sianosis retikuler di lengan dan kaki pada sekitar 80% pasien.