Ada banyak penyebab inkontinensia feses, termasuk gangguan pencernaan seperti konstipasi, kolitis ulseratif, penyakit Crohn, diare yang disebabkan oleh penyakit usus menular tertentu, penyakit kronis seperti demensia, sklerosis multipel, penyakit Parkinson, stroke, gangguan neurologis seperti diabetes tipe 2, dan kerusakan muskulo-neural yang disebabkan oleh persalinan transvaginal, operasi kolorektal, dll.