Konstipasi fungsional pada bayi baru lahir biasanya disebabkan oleh pemberian makan yang buruk dan tidak ada laporan tentang hubungan genetik dengan konstipasi fungsional pada bayi baru lahir. Sebaliknya, konstipasi organik pada bayi baru lahir biasanya dikaitkan dengan kelainan tertentu, beberapa di antaranya memiliki predisposisi genetik yang jelas, seperti megakolon kongenital, kelainan genetik poligenik, dan malformasi anorektal, yang juga terkait secara genetik.