Ada banyak penyebab konstipasi pada bayi baru lahir, termasuk praktik pemberian makan, disfungsi usus, penyakit, dan pengobatan. Jika bayi baru lahir tidak mengeluarkan feses dalam waktu 24 jam setelah lahir, dokter akan mempertimbangkan ekskresi feses yang tertunda dan adanya kondisi tertentu yang menyebabkan konstipasi, seperti kelainan saluran pencernaan, gangguan metabolisme, gangguan neuroendokrin dan keracunan. Selain itu, obat-obatan tertentu juga dapat menyebabkan konstipasi pada bayi baru lahir, seperti opiat dan fenobarbital.