Penyebab dan patogenesis celah langit-langit belum sepenuhnya dipahami, tetapi ada hubungan genetik yang diketahui.
Pasien dengan celah langit-langit telah terlihat mengembangkan kelainan bentuk yang sama pada kerabat dekat atau kolateral mereka, tetapi tidak selalu berarti bahwa jika ayah atau ibu memiliki celah langit-langit, anak akan memiliki kondisi tersebut.