Penyakit utama yang dapat menyebabkan leukoplakia anal adalah vitiligo dan perianal sclerosing moss. Patogenesis yang tepat dari penyakit ini masih belum jelas dan mungkin terkait dengan faktor genetik, endokrin dan autoimun, atau kebiasaan hidup sehari-hari yang buruk seperti kurangnya kebersihan perianal.