Refluks asam dalam jangka panjang berpotensi menyebabkan kanker esofagus. Hal ini terutama karena asam lambung adalah asam yang kuat.
Jika gejala ini terjadi dalam waktu yang lama, maka akan menyebabkan kerusakan pada jaringan epitel kerongkongan, menyebabkan gejala seperti peradangan, yang lama kelamaan dapat menyebabkan perubahan pada jaringan seluler dan akhirnya menyebabkan kanker esofagus.