Gejala-gejala meningitis Kriptokokus tidak khas dan oleh karena itu diagnosis tidak dapat dibuat hanya berdasarkan sakit kepala, demam dan muntah.
Pasien disarankan untuk mengunjungi departemen neurologi atau infeksi di rumah sakit untuk menyelesaikan tes yang relevan, seperti pemeriksaan cairan serebrospinal pungsi lumbal dan tes pencitraan. Diagnosis hanya dapat dipastikan jika tes mengungkapkan adanya meningitis dan ditemukan bukti infeksi kriptokokus baru.