Pengobatan meningitis kriptokokus baru sering dibagi menjadi tiga fase: fase induksi, fase konsolidasi, dan fase pemeliharaan, yang dapat bertahan hingga satu tahun dan membutuhkan kepatuhan yang sangat baik terhadap pengobatan dan disiplin diri untuk menghindari kekambuhan karena pengobatan yang tidak teratur. Jika penyakitnya tidak terkontrol dengan baik dan mungkin kambuh, durasi pengobatan akan lebih lama dan lebih sulit untuk diobati.