Pemulihan penuh dari meningitis Kriptokokus tergantung pada pengobatan yang tepat waktu dan apakah sistem kekebalan tubuh pasien normal. Meningitis Kriptokokus adalah penyakit yang sangat berbahaya dan sulit diobati dan memiliki tingkat kematian yang tinggi jika tidak diobati dengan segera dan teratur.
Oleh karena itu, pengobatan yang cepat sangatlah penting. Meskipun beberapa pasien mungkin memiliki gejala sisa setelah penyakit ini disembuhkan, namun ada kemungkinan untuk pulih sepenuhnya jika sistem kekebalan tubuh pasien memadai dan pengobatan tepat waktu dan terstandardisasi.