Tahap awal kutil adalah ketika kutil baru pertama kali muncul. Lesi biasanya berupa papula merah muda tunggal atau multipel dengan ujung yang tajam dan lembut. Di sisi lain, kutil biasanya ditemukan pada alat kelamin pria dan wanita dan selaput lendir basah di daerah perianal, tetapi dalam beberapa tahun terakhir, karena diversifikasi kontak seksual, beberapa pasien juga mengembangkan kutil pada mukosa mulut. Penting untuk dicatat bahwa karena HPV-6, 11, 16 dan 18, subtipe yang menyebabkan kutil, terutama menyerang persimpangan selaput lendir kulit yang lembab, kutil juga dapat muncul di lipatan kulit lembab yang berkeringat seperti ketiak, di bawah payudara, dan di antara jari-jari kaki pada beberapa pasien dengan fungsi kekebalan yang relatif rendah. Karena ada masa inkubasi rata-rata hingga tiga bulan antara infeksi HPV awal dan munculnya lesi, seringkali infeksi subklinis dapat dideteksi di sekitar ruam awal yang belum terlihat dengan mata telanjang, tetapi positif pada tes asetat putih, selama tahap awal penyakit ketika kutil baru terlihat dengan mata telanjang. Tahap pertama adalah pengobatan awal kutil untuk mengurangi kekambuhan. Pemahaman yang komprehensif tentang bentuk awal dan kinerja situs kutil dan pemeriksaan yang baik akan membantu dalam diagnosis awal kutil dan akan berdampak positif pada pengobatan lengkap dan pengendalian kekambuhan kutil.