Beberapa pasien membutuhkannya. Perawatan bedah terutama digunakan untuk bayi yang mengalami konstipasi yang disebabkan oleh patologi organik, seperti megakolon kongenital, malformasi anorektal kongenital, emboli sumsum tulang belakang dan tonjolan tulang belakang, yang sulit disembuhkan dengan pengkondisian umum, dan harus dikoreksi secara agresif melalui pembedahan.