Endometriosis dalam dapat menyebabkan infertilitas, tetapi mekanismenya tidak jelas dan dikaitkan dengan faktor-faktor seperti faktor kekebalan yang berubah dalam lingkungan mikro panggul. Telah disarankan bahwa 93,5% pasien dengan endometriosis dalam memiliki adhesi pelvis, sehingga mempengaruhi produksi folikel dan fungsi pengumpulan telur tuba dan menyebabkan infertilitas.
Selain itu, beberapa penelitian menunjukkan bahwa efek endometriosis ektopik pada kesuburan lebih jelas ketika menyerang usus, yang mungkin terkait dengan perubahan anatomi panggul yang disebabkan oleh invasi lesi ke dalam perangkap rekto-uterus, yang mengakibatkan penutupan perangkap posterior.