Endometriosis dalam sering kali memerlukan penanganan bedah, tetapi karena lebih invasif, indikasi yang jelas untuk pembedahan diperlukan sebelum pembedahan dapat dijadwalkan. Pasien yang saat ini sedang dipertimbangkan untuk pembedahan termasuk mereka yang gejala nyerinya gagal menanggapi pengobatan; mereka dengan lesi terlokalisasi yang meningkat, endometriosis tipe ovarium gabungan dan/atau infertilitas; mereka yang mengalami obstruksi atau disfungsi akibat invasi organ seperti usus dan ureter; mereka yang memiliki lesi pelvis ganas yang tidak dapat disingkirkan; dan mereka yang memiliki lesi yang menetap setelah menopause.