Endometriosis dalam tidak sensitif terhadap pengobatan farmakologis. Obat-obatan yang tersedia saat ini terbagi dalam lima kategori utama: obat anti inflamasi non-steroid (NSAID), kontrasepsi oral, progestin yang sangat efektif, turunan androgen dan agonis hormon pelepas gonadotropin (GnRH-a).
Karena kemanjuran berbagai rejimen pada dasarnya sama, tetapi efek sampingnya bervariasi, penting untuk memperhitungkan sepenuhnya efek samping obat saat memilihnya.
Obat-obatan yang menjanjikan termasuk penghambat aromatase, antagonis hormon pelepas gonadotropin dan modulator PR selektif.