Anak-anak dari orang tua yang menderita sakit kepala cluster belum tentu menderita sakit kepala cluster.
Meskipun beberapa penelitian telah mengklaim bahwa serangan sakit kepala cluster dipengaruhi oleh faktor genetik, hal ini hanya menunjukkan bahwa faktor genetik dapat berkontribusi terhadap serangan dan tidak membuktikan bahwa sakit kepala cluster adalah kelainan genetik, sehingga orang tua tidak perlu terlalu cemas tentang hal itu atau membiarkannya mempengaruhi keputusan reproduksi mereka.