Sakit kepala cluster sangat simtomatik dan umumnya mencakup pengobatan selama fase onset dan pengobatan profilaksis selama fase remisi.
Pengobatan pada fase onset umumnya dengan obat-obatan seperti agonis reseptor 5-H1B/1D selektif, bersama dengan oksigenasi, untuk meredakan gejala dengan cara yang paling efisien.
Pasien dalam remisi sebagian besar bebas dari gejala sakit kepala dan dapat diobati secara profilaksis dengan garam lithium dan melatonin. Jika semua efeknya terbatas, pengobatan bedah, seperti pengobatan dengan operasi ganglion trigeminal atau pterygopalatine, stimulasi saraf oksipital, dan terapi stimulasi otak dalam, dapat dipertimbangkan.