Penyebab utama nyeri anus adalah (1) Wasir eksternal yang meradang atau wasir eksternal yang mengalami trombosis. (2) Wasir internal campuran yang mengalami prolaps dan tertanam. (3) Fisura anus. (4) Abses perianal. (5) Infeksi fistula anus. (6) Sinusitis anal. (7) Tumor anorektal (kanker saluran anus, sarkoma, melanoma ganas). Hal ini relatif jarang terjadi dan mudah terlewatkan dari diagnosis. (8) Nyeri dubur spontan, penyebabnya tidak diketahui, dan peradangan lokal serta emosi memiliki hubungan tertentu.