Adanya kelainan pada posisi pembukaan uretra pada anak-anak biasanya dapat didiagnosis selama pemeriksaan fisik saat lahir. Orang tua biasanya dapat menentukan apakah anak mereka menderita hipospadia dengan melihat lubang uretra, bentuk penis dan aliran urin. Umumnya, pada anak-anak dengan hipospadia, lubang uretra tidak berada di ujung penis dan penis melengkung ke bawah ketika ereksi, sering membasahi celana ketika berdiri untuk buang air kecil.