Komplikasi meningitis virus beragam dan terutama berfokus pada hal-hal berikut ini: 1. Meningitis virus adalah respons inflamasi yang dapat menyebabkan hemiplegia jika menyerang inti fungsi motorik; 2. Mempengaruhi lobus frontal parenkim otak dapat menyebabkan epilepsi dan beberapa pasien juga dapat menyebabkan gangguan suasana hati; 3. Mempengaruhi thalamus dapat menyebabkan masalah dengan pusat termoregulasi dan hipertermia; 4. Mempengaruhi pusat pendengaran dan visual dapat menyebabkan gangguan pendengaran dan penglihatan; 5. Jika terinfeksi BSE setelah gigitan nyamuk, beberapa pasien dapat menyebabkan keterbelakangan mental.