Anak laki-laki juga bisa menderita sindrom Rett. Gen penyebab utama, MECP2, terletak pada kromosom X (Xq28), dan sebagian besar gen yang bermutasi berasal dari kromosom X paternal, sehingga sebagian besar pasiennya adalah anak perempuan. Namun, ada kasus di mana anak laki-laki terpengaruh. Kemungkinan sindrom Rett dipertimbangkan ketika anak laki-laki menderita gejala-gejala yang terkait dengan penyakit ini, seperti penurunan kecerdasan, bicara, fungsi tangan, dan keterampilan motorik.