Satu-satunya perawatan klinis untuk kista celah insang adalah operasi pengangkatan, tetapi pilihannya tergantung pada ukuran kista. Pembedahan kista celah insang terutama dipilih untuk melakukan eksisi, yang dapat secara langsung mengangkat kista yang membesar. Metode ini lebih cocok untuk pasien dengan kista yang lebih besar. Jika kista relatif kecil, maka untuk sementara waktu dapat diobservasi tanpa perawatan khusus. Jika pasien kista celah insang perlu melakukan reseksi bedah, harus sesuai dengan arah dermatoglifi untuk reseksi, untuk pasien yang telah membentuk fistula, sebelum operasi perlu dilakukan fistulografi, bersihkan tingkat keparahan penyakitnya, setelah memahami kondisinya, dan kemudian pilih sayatan berbentuk tombak melintang, tabung tengkorak akan diangkat seluruhnya, lalu memperluas reseksi, yang dapat mengurangi tingkat kekambuhan. Setelah operasi kista celah insang, dianjurkan untuk pergi ke rumah sakit secara teratur untuk pemeriksaan, jika terjadi infeksi dan peradangan dalam waktu singkat, antibiotik oral harus diminum sesuai resep dokter untuk antiradang, seperti sefiksim, sefuroksim, dan sebagainya.