Rasa nyeri di daerah ginjal biasanya ditandai oleh ukuran dan lokasi batu, dan biasanya tumpul atau kolik. Dalam kasus batu besar di pelvis ginjal atau kaliks, mungkin tidak ada gejala klinis yang jelas atau hanya rasa nyeri tumpul di perut bagian atas atau punggung bawah setelah beraktivitas.
Jika batu ginjal telah menyebabkan infeksi yang lebih serius di daerah ginjal, manifestasi utamanya adalah pembengkakan atau nyeri di punggung bawah.